Несмотря на широкий спектр показаний к физиотерапии, существуют противопоказания к физиотерапии: ряд состояний, когда применение данного вида лечения нецелесообразно. Физиотерапевтические процедуры не применяют, когда у пациента имеется выраженная системно-органная недостаточность, например выраженная сердечно-сосудистая, дыхательная, почечная, печеночная недостаточность, тяжелое общее состояние, крайнее истощение организма, в виду значительного снижения компенсаторно-приспособительных и адаптационных возможностей организма на полисистемном и организменном уровнях при данных состояниях.
Противопоказания к физиотерапии при новообразованиях: нельзя применять физиотерапевтические процедуры, повышающие общую температуру тела, а также обладающие местным тепловым и стимулирующим метаболическую активность эффектом в зоне локализации опухолевого процесса. При этом важно сопоставлять глубину проникновения физического фактора и локализации патологического процесса. Применение физиотерапии может быть противопоказано при наклонности к кровотечениям, повышении температуры тела и острой фазе некоторых заболеваний, а также при индивидуальной непереносимости отдельных физических факторов.